1. مطالعه، تحقیق و اجراى طرح‏هاى پژوهشى در زمینه‌های:
الف. تاریخ، فلسفه و مبانى فقه و حقوق اسلامى؛
ب. موضوعات جدید فقهى و فقهى - حقوقى به ویژه در موضوعات مورد نیاز نظام جمهورى اسلامى؛
ج. موضوعات کهن فقهى که به دلایلى نیازمند بازنگرى‏اند، به‏ویژه در موضوعات مورد نیاز نظام جمهورى اسلامى؛
د. علوم وابسته به فقه از قبیل اصول، رجال، حدیث و...
ه. قواعد فقهى متناسب با توسعه دانش فقه؛
و. نظام حقوقى اسلام و تطبیق و مقایسه آن با سایر نظام‏هاى حقوقى
ز. الگوها و نظریه‏هاى کارآمد فقهى و حقوقى؛
ح‌. شناسایى شبهات مربوط به فلسفه احکام و ارائه تحلیل‏هاى عقلانى جهت اقناع اذهان مخاطبان؛
2. شناسایى خلأها، نیازها، آسیب‌ها و مشکلات فقهى و حقوقى نظام جمهورى اسلامى؛
3. آسیب‏شناسى فقهى - حقوقى نهادهاى تقنینى، قضایى و اجرایى نظام جمهورى اسلامى؛
4. ایجاد گروه‏هاى تخصصى جهت اجراى برنامه‏ها و فعالیت‏هاى پژوهشى؛
5. تهیه مجموعه‏هاى اطلاع‏رسانى (مأخذشناسى، قاموس، معجم و...)
6. فراهم آوردن زمینه رشد و توسعه دانش و توانایى پژوهشگران پژوهشکده از طریق تشکیل و کارگاه‏هاى آموزشى، برگزارى نشست‏ها و گفت‏وگوهاى علمى، ایجاد فرصت‏هاى مطالعاتى و...
7. شناسایى، جذب و به کارگیرى پژوهشگران و صاحب‏نظران توانمند و حمایت از فقه‏پژوهان حوزه علمیه جهت زمینه‏سازى رشد و اعتلاى آنان؛
8. اطلاع‏رسانى به حوزه‏هاى علمیه در زمینه پرسش‏ها و چالش‏هاى نوپیداى جامعه و نظام اسلامى در عرصه فقه و حقوق اسلامى؛
9. ارتباط و همکارى با سازمان‏ها، نهادها، مؤسسات و مراکز علمى، پژوهشى و اجرایى به منظور پیش‏برد اهداف پژوهشکده؛
10. برقرارى ارتباط فعال و سازنده با دیگر پژوهشکده‏ها و واحدهاى زیرمجموعه پژوهشگاه با هدف اجراى طرح‏هاى مشترک و جلوگیرى از انجام کارهاى موازى و تکرارى.