مهمترین اهداف این پژوهشکده عبارتاند از:
۱. تبیین و تنقیح مبانی و چارچوب های نظری دانش فقه به منظور توامندسازی و توسعه آن به عرصه های گوناگون فردی واجتماعی.
۲. تبیین و ترسیم نظام حقوقی اسلام و نشان دادن برتری آن نسبت به سایر نظام های حقوقی.
۳. ارائه الگوهای کارآمد فقهی در جهت پاسخ گویی به نیازها و پرسش های اساسی انسان و جامعه معاصر.
۴. ارائه تحلیل های خردپسند از آموزه های فقهی و حقوقی.
۵. تبیین مبانی و مسائل فقهی و حقوقی نظام جمهوری اسلامی و پاسخ گویی به نیازهای آن.
۶. شناسایی خلأها، نیازها، آسیب ها و مشکلات فقهی و حقوقی نظام جمهوری اسلامی.
۷. آسیب شناسی فقهی – حقوقی نهادهای تقنینی، قضایی و اجرایی نظام جمهوری اسلامی.
۸. تنقیح و تبیین مبانی، منابع، قلمرو، اهداف، تاریخ و روش های استنباط فقه و حقوق اسلامی.
۹. شناسایی چالش ها و پرسش هایی که در زمینه های یاد شده رویاروی فقه و حقوق اسلامی قرار گرفته است و تلاش در جهت پاسخ گویی عالمانه به آنها.
۱۰. انتقال نیازهای عرصه استنباط به دانش اصول و تبدیل آنها به موضوعاتی در قالب و صبغه اصولی
۱۱. سوق دادن مهارت های موشکافانه اصولی از مباحث صرفاً علمی به مباحث کاربردی
۱۲. توسعه کمی و کیفی دانش اصول در چارچوب ماهیت و نقش ابزاری آن و یا هدف پاسخگویی به نیازهای استنباط مسائل نوپیدا
۱۳. جلوگیری از تبدیل شدن دانش اصول به دانشی غیرناظر و غیرمفید نسبت به استنباط.
۱۴. بسترسازی لازم علمی جهت رواج یافتن نظریه پردازی در اصول و فقه
۱۵. بارورسازی ظرفیت های دانش قواعد فقهی در چارچوب تقویت مباحث تطبیقی فقه و حقوق.
